Η ίδια η καύση του βιοντήζελ, όπως και όλων των βιοκαυσίμων, παράγει την ίδια περίπου ποσότητα CO2 που παράγεται κατά την καύση των συμβατικών καυσίμων. Όμως η ποσότητα αυτή ισούται με την ποσότητα CO2 που έχει απορροφήσει από την ατμόσφαιρα το φυτό από το οποίο προέρχονται τα βιοκαύσιμα. Ετσι, το ισοζύγιο CO2 από την ανάπτυξη του φυτού και την καύση του παραγόμενου βιοντήζελ, είναι μηδενικό. Η αειφορία αυτή όμως διαταράσσεται από το CO2 που εκλύεται στην ατμόσφαιρα σε όλο τον κύκλο παραγωγής των βιοκαυσίμων, δηλαδή από τα καυσαέρια των γεωργικών μηχανημάτων που χρησιμοποιούνται για την καλλιέργεια και συγκομιδή των πρώτων υλών, την παραγωγή των λιπασμάτων, τη μεταφορά τους, κλπ. Γι’ αυτό και η μείωση του CO2 σε σχέση με τα συμβατικά καύσιμα δεν είναι 100%, αλλά κυμαίνεται από 50 ως 90%.
Στην περίπτωση χρήσης αποβλήτων για πρώτη ύλη, όπως τηγανέλαια και ζωικά λίπη, η μείωση αυτή φτάνει ή και ξεπερνάει το 90%, καθώς όχι μόνον δεν επιβαρύνεται η ατμόσφαιρα με CO2 για την παραγωγή τους, αλλά προστατεύεται το περιβάλλον από τις επιπτώσεις που θα είχε η απόρριψή τους.
Αυτός είναι ο βασικός λόγος για τον οποίον η χρήση βιοντήζελ από απόβλητα ενθαρρύνεται έντονα από την Ε.Ε. και οι ποσότητές του που χρησιμοποιούνται σαν καύσιμα κίνησης μετρούν διπλές στους στόχους των χωρών-μελών για χρήση βιοκαυσίμων.
